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たいていのエイズ患者は脳機能障害の徴候を示す。
これらは、頭痛、記憶の忘失、ふらつきと震え、人格と行動の変化などから、急性の精神病、てんかん発作、麻癖、結果として起こる意識の喪失に至るまで広い範囲にわたる。
ＨＩＶ自身が脳に感染してこれらのいくつかを引き起こすかもしれないが、他の微生物、たとえば、ＣＭＶ、単純疱疹ウイルス、トキソプラズマ、胞子虫類のひとつ、クリプトコックス病原性酵母菌のひとつなど、あらゆる病原体が関わってくるであろう。
おまけに、Eーバーウイルスは脳に腫傷を引き起こすし、網膜のＣＭＶ感染はありふれた失明の原因である。
肺炎はもうひとつの頻繁に起こる末期的病気で、持続的で悲惨な咳、息切れ、血疾、胸の痛みなどを引き起こす。
ここでは、攻撃してくる微生物はまさにありふれた通常は無害な細菌であることがふつうであるが、結核菌やニューモシステイス原生動物か菌類のひとつと考えられる微生物もまたこれに加わってくる。
最後に、「日和見新生物」と呼ばれる、ウイルスによって引き起こされる癌がエイズ患者にふつうに見られる。
これらについては次で詳しく論じるであろう。
このような戦悌を覚えさせるシナリオは、保健医療の従事者や科学者たち、ＨＩＶ陽性者の大部分、そして一般大衆が、ＨＩＶによって引き起こされると信じているものである。
しかし、レトロウイルス学者Ｐ・Ｄ博士を筆頭とする少人数の声高な科学者の一団は、ＨＩＶがエイズの原因ではない、という姿勢を断固として維持している。
彼らは、ＨＩＶもエイズも存在することには同意するが、ＨＩＶは無害なウイルスであり、それとエイズとの関係はつくり話である、と主張している。
Ｄは、エイズの原因に関して陰謀があると信じている。
彼によると、科学者たちは罪のない無害なウイルスを有罪にしたがっているのであり、ＨＩＶ犯人説はウイルス学者たちが自分の存在理由を求めてすてばちになって創作したものである、という。
このことを強く感じていた彼は、一九九六年に『エイズウイルスのねつ造』と題する七００ページの本を書いた。
Dの主張によると、ＨＩＶは、麻疹やインフルエンザのように、急性感染症を引き起こして免疫応答を呼び起こし、そのあと体から除去されるのであり、そしてあとに残された抗体がその後の感染から体を護るのであるという。
彼は、ときおり低レベルのウイルスがあとに残されるかもしれないことは認めるが、このレベルでは病気を引き起こすには低すぎると主張する。
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